Dưới áp lực từ các tổ chức cấp tiến và pemuda ('thanh niên') chính trị hóa, Sukarno và Mohammad Hatta tuyên bố Indonesia độc lập vào ngày 17 tháng 8 năm 1945, hai ngày sau khi Thiên hoàng Nhật Bản đầu hàng Đồng Minh. Ngày tiếp theo, Ủy ban Quốc gia Trung ương Indonesia (KNIP) bầu Sukarno làm tổng thống, và bầu Mohammad Hatta làm phó tổng thống.[10]

Tin tức về tuyên ngôn độc lập sau đó được truyền bá đến các đảo khác, và nhiều người Indonesia ở xa Jakarta không tin vào điều này. Do tin tức được truyền đi, hầu hết người Indonesia nhận là ủng hộ chế độ Cộng hòa, và tình cảm cách mạng trải khắp toàn quốc.[11] Thế lực bên ngoài nay đã thay đổi; mất nhiều tuần trước khi lực lượng Đồng Minh tiến vào Indonesia, còn Hà Lan quá yếu do đại chiến. Nhật Bản bị yêu cầu hạ vũ khí và duy trì trật tự; mâu thuẫn này được giải quyết phần nào bằng cách trao vũ khí cho những người Indonesia được Nhật đào tạo.[12]

Kết quả là khoảng trống quyền lực trong những tuần sau khi Nhật Bản đầu hàng, tạo ra một tình hình bất ổn, song cũng là một cơ hội cho những người Cộng hòa.[13] Nhiều pemuda gia nhập các tổ chức đấu tranh thân Cộng hòa (badan perjuangan). Những người có kỉ luật nhất là những quân nhân từ những tổ chức Giyugun và Heiho do Nhật Bản thành lập song đã bãi bỏ. Nhiều tổ chức vô kỷ luật, nguyên nhân là hoàn cảnh hình thành của họ và điều mà họ hiểu là tinh thần cách mạng. Trong những tuần đầu, binh sĩ Nhật Bản thường triệt thoái từ các khu vực đô thị để tránh đối đầu.[14]

Trong tháng 9 năm 1945, pemuda Cộng hòa đoạt quyền kiểm soát những cơ sở hạ tầng chính, kể cả các ga đường sắt và đường xe điện trong những thành thị lớn nhất của Java, họ ít gặp kháng cự từ người Nhật.[14] Nhằm truyền bá thông điệp cách mạng, pemuda thiết lập những đài phát thanh và báo riêng, vẽ lên tường nhằm tuyên truyền tình cảm dân tộc chủ nghĩa. Trên hầu hết các đảo, những ủy ban đấu tranh và dân quân được thiết lập.[15] Báo chí của phe Cộng hòa trở nên phổ biến tại Jakarta, Yogyakarta, và Surakarta, bồi dưỡng một thế hệ tác giả được gọi là angkatan 45 ('thế hệ 45'), nhiều người trong số này tin rằng công việc của họ có thể là bộ phận của cách mạng.[14]

Các lãnh đạo Cộng hòa cố gắng nhằm giải hỏa với tình cảm quần chúng; một số muốn đấu tranh vũ trang quyết liệt; số khác muốn một tiếp cận lý trí hơn. Một số lãnh đạo như nhân vật cánh tả Tan Malaka truyền bá ý tưởng rằng đây là một đấu tranh cách mạng sẽ được pemuda Indonesia lãnh đạo và giành thắng lợi. Sukarno và Mohammad Hatta thì quan tâm nhiều hơn đến việc hoạch định một chính phủ và các thể chế nhằm giành độc lập thông qua cách thức ngoại giao.[15] Các cuộc tuần hành ủng hộ cách mạng diễn ra tại các thành phố lớn, trong đó có một cuộc tuần hành do Tan Malaka lãnh đạo tại Jakarta với trên 200.000 người, song Sukarno và Hatta đã chế ngự thành công do lo ngại bạo lực.

Tháng 9 năm 1945, nhiều pemuda tự xưng trở nên thiếu kiên nhẫn. Hiện tượng phổ biến là nhóm dân tộc bị xem là ngoại lai như tù binh Hà Lan, người Âu-Á, người Ambon và Hoa và những người bị xem là điệp viên phải chịu sự đe dọa, bắt cóc, trộm cướp, và đôi khi là sát hại, thậm chí là tàn sát có tổ chức. Những hành động như vậy vẫn tiếp tục ở một mức độ nhất định trong quá trình cách mạng.[16] Khi mức độ bạo lực gia tăng trên toàn quốc, chính phủ Cộng hòa do Sukarno và Hatta lãnh đạo tại Jakarta kêu gọi bình tĩnh. Tuy nhiên, pemuda vốn ủng hộ đấu tranh vũ trang cho rằng tập thể lãnh đạo cũ là dao động và phản bội cách mạng, thường dẫn đến xung đột giữa những người Indonesia.

Vấn đề lòng trung thành ngay lập tức nổi lên trong số những quân chủ bản địa, chẳng hạn như những quân vương tại Trung Java lập tức tuyên bố bản thân trung thành với Cộng hòa, trong khi nhiều raja ở các đảo xa thì ít nhiệt tình hơn. Sự miễn cường của nhiều đảo xa càng sâu sắc thêm do tính chất cấp tiến, phi quy tộc, và đôi khi là Hồi giáo của tập thể lãnh đạo cộng hòa tập trung tại Java. Tuy nhiên, Cộng hòa nhận được sự ủng hộ từ Nam Sulawesi (bao gồm quốc vương của Bone, nước vẫn chống Hà Lan từ đầu thế kỷ), và từ raja Makassar và Bugis do họ ủng hộ Thống đốc Jakarta của Cộng hòa- một người Menado theo Cơ Đốc giáo. Nhiều raja Bali chấp thuận quyền uy của Cộng hòa.[17]

Lo sợ người Hà Lan sẽ cố gắng tái lập quyền lực của họ tại Indonesia, chính phủ Cộng hòa mới và các lãnh đạo của nó nhanh chóng củng cố chính quyền non trẻ. Bên trong Indonesia, chính phủ mới dù nhiệt tình song mong manh và tập trung tại Java. Chính phủ hiếm khi và lỏng lẻo trong việc tiếp xúc với các đảo xa,[18] vốn có nhiều binh sĩ Nhật Bản hơn, ít chỉ huy Nhật đồng cảm hơn, và ít các lãnh đạo và nhà hoạt động Cộng hòa.[19] Trong tháng 11 năm 1945, một chính phủ nghị viện được thiết lập và Sjahrir được bổ nhiệm làm thủ tướng.